解决了人们争论不休的公交的定位后，紧接着迎来了一个更为艰难的问题——体制性障碍。
作为北京市最大的公交企业——北京公交集团，拥有世界上最大的公交车队，但其下属的北京巴士股份有限公司却是上市公司，作为上市公司怎么可能成为公益性事业？
2001年1月，北京巴士在上海证交所正式挂牌，这是北京市第一家上市的公用事业单位。上市募集的7.73亿元绝大部分用于购买车辆。宽敞舒适的巴士开到有效线路涉及不到的地方，居民出行越来越便利。
2006年8月，北京市委、市政府决定，对上市公司北京巴士进行资产置换，使公交客运资产重新回归公益性事业。正是这次回归，彻底解决了公交改革与发展的体制性障碍。
“虽然遇到了这样那样的困难，但北京市交通委从2003年成立之初，就在积极倡导优先发展公共交通。优先发展公共交通是世界各大城市解决城市交通问题的必由之路，选择了公共交通就是选择了城市的未来。”刘小明这样看待公共交通在一个城市中的地位。
为充分发挥不同层次公共交通的作用，2005年12月31日，全国第一条大容量快速公交线正式在北京建成运行，线路全长16公里，实际运行速度每小时26公里。这种专用路权，通行优先的新型交通运输模式，具有物理隔离设施公交专用道，行车速度比普通公交车提高近一倍，增强了安全行车、准点运营的可靠性。由此，乘客对快速公交减少出行时间、减少候车时间的满意度达到90％。
与此同时，北京市交通委还加快了作为公共交通骨干的轨道交通的建设步伐，地铁5号线、10号线、机场轨道线开工建设，2008年将全部完工，届时北京的轨道交通将达到创历史的200公里。
2006年12月18日，经广泛征求人大代表、政协委员和社会各界的意见，由北京市交通委、市发改委、规划委、财政局、公安局联合制定的《关于优先发展公共交通的意见》正式出台。这一《意见》确定了北京发展公共交通在城市可持续发展中的重要战略地位和公共交通的社会公益性定位，明确了在加快轨道建设的同时，对地面公交系统进行全面提升改造，对公共交通施行设施用地、投资安排、路权分配、财税扶持的“四优先”政策。
按照这一《意见》，北京将采取七项措施，加大公交路权优先力度。一是新建道路同步设置公交专用道，二是现有道路增加施划公交专用道，三是延长现有专用道使用时间，四是修建施划公交港湾，五是实行公交优先信号，六是特勤管理兼顾公交优先，七是实施道路工程改造设置大容量快速公交专用道。2010年，北京市将实现450公里公交专用道网络。
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