企业普遍反映财政补贴补偿不足以弥补其政策性亏损，正常经营活动受到较大影响；政府财政部门在核定补贴资金时，往往对企业上报的财务信息不完全认可，进而相应调减补贴额。政府补贴额与企业实际政策性亏损不符的现象非常普遍。以武汉市公交集团为例，2013年扣除各级政府13.26亿元补贴后，仍然有7亿元资金缺口，企业亏损严重，资不抵债，只能通过拖欠员工社保费、拖欠购车款等方式维持经营。银川公共交通有限公司2012年资产负债率超过76%，每月需支付银行利息150万元，资金链处于断裂边缘。
财政补贴不堪重负。国家公交优先政策指导下，为了弥补企业低票价以及政策性亏损，部分城市如北京、深圳等开始对公交低票价施行财政补贴政策。北京于2007年其起同步实施低票价及财政补贴政策，公交线路普遍采用1元的单一票价，普通卡刷卡4折优惠、学生卡2折，仅有少量线路采用分段计价。地铁为单一票制，票价2元（机场线除外）。自低票价政策实施以来，北京市对公共交通的财政补贴额逐年快速上涨，从2005年的18.1亿元飞速增加到2013年的200亿元，8年年均涨幅为38%，公共交通财政补贴占城市财政预算收入的比例从2.24%快速提升到5.89%，见图2、图3。
深圳也于2007年同步启动了低票价及财政补贴政策。自低票价政策实施以来，深圳市对公共交通的财政补贴额逐年快速上涨，从2008年的10.33亿元飞速增加到2013年的63亿元，6年年均涨幅为44%，见图4。
通过以上数据可以看出，对于实行低票价政策且能将公共交通财政补贴到位的城市而言，其补贴资金无不呈现快速增长，并且占地方预算收入与支出的比重日益增大，给各城市公共财政带来极大的压力。
低票价吸引力减弱。城市公共交通低票价政策的实施使广大普通群众的出行成本大幅降低，在政策实施的初期，公共交通出行分担率得到一定提高。但近年来，运营成本的急剧攀升及票价长年不调整所带来的企业经营难以为继，导致服务水平很难得到有效保障与提升，在公众对于低票价逐渐失去敏感性、对公交服务水平要求不断提高、私人小汽车快速进入家庭等因素的共同影响下，单纯的公交票价优惠政策已经很难有效吸引更多的人选择公共交通，公共交通分担率增长缓慢甚至不增长。图5为北京1986年～2011年城市交通出行结构的变化情况，虽然包含轨道的总的公共交通比例一直在提升（缘于北京城市轨道交通客运量保持持续快速增长），但票价改革后的2009年到2011年，公共汽电车的分担率从2009年的28.9%下降到2011年的28.2%。
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对策研究
通过如上分析可以得出，目前我国城市公共交通运营层面的财政可持续方面还面临诸多问题，这些问题产生的根源在于公共交通的服务质量、运营成本、财政补贴、票价调节之间没有形成动态的平衡机制，使得公共交通三大参与主体——政府、公众与企业间的利益平衡被打破，严重影响了我国城市公共交通的健康可持续发展。为此，《国务院关于城市优先发展公共交通指导意见》（以下简称《指导意见》）指出“应完善价格补偿机制”，“对企业服务质量和运营安全进行定期评价，结果作为衡量企业运营绩效、发放政府补贴的重要依据”。
为落实《指导意见》关于城市公共交通可持续发展的相关精神，应尽快研究建立城市公共交通服务质量、运营成本、财政补贴、票价调节的联动机制，最终形成良性的群众可接受、企业可发展、财政可承担的城市公共交通运营财政制度。具体对策措施包括如下三方面。
科学制定票制与票价体系。坚持体现公益性和增强吸引力的原则，兼顾社会效益和经济效益，考虑企业成本、政府财力、群众承受能力等因素，科学合理核定票价；兼顾各种公共交通方式之间的合理比价关系，提高公共交通系统的总体运行效率；票制票价和收费方式要有利于不同公交方式的换乘，方便公众出行。
建立政府与企业的成本分担机制。城市公共交通是社会公益事业，推进公交优先发展是政府的重要职责，政府应该从基础设施、路权、用地、财政等方面对公交企业予以支持，把发展城市公共交通事业纳入公共财政保障体系，统筹安排，重点扶持。要加快建立政府—企业合理分担机制，将公共交通基础设施投资、日常运营、承担社会公益性服务、节能减排、应急救援等政府指令性任务等相关成本纳入政府补贴补偿范围。
建立规范的公共财政补贴制度及补偿机制。按照“政府购买公共服务”的原则，加快转变财政补贴思路，改进财政补贴机制，细化公共交通运营企业提供的各类公共服务，并根据各类公共服务的量化评价分别给予与之相适应的补贴。
一是通过财务会计制度改革，最大限度地界定好经营性亏损与政策性亏损的边界，为科学合理地发放政府补贴提供依据。
二是公共交通行业管理部门制定公共交通服务质量考核办法，并委托第三方机构公开、公平、公正地考核企业服务质量。
三是按照政府购买公共服务的改革思路，由财政部门、公共交通管理部门通过成本规制等途径，由第三方机构科学测算公共交通运营企业的合理运营成本，并结合企业服务质量考核结果合理确定补贴额，切实发挥公共财政补贴作用与资金利用效率。
建立以服务为导向的城市公共交通成本、补贴与票价联动机制。该联动机制以服务质量为核心，政府以向企业发放公共交通财政补贴的方式购买公共服务，为广大乘客提供公共服务。服务的质与量决定了企业运营的成本，同时对服务质量的考核也将直接影响政府给企业的财政补贴。当企业运营与政府补贴难以承受时应启动票价调节程序，由政府、公众共同承担合理的公共服务价格比重，最终建立乘客可接受、企业可发展、财政可承担的以服务质量为导向的企业成本-财政补贴-票价调节联动机制。
